Existem algumas vacinas que são as mesmas, como por exemplo, a BCG e a HPV quadrivalente. Outras, porém, apresentam algumas diferenças em relação à quantidade de sorotipos presentes na vacina, como a do rotavírus pentavalente utilizada no Einstein e a monovalente aplicada na rede pública.
Há também diferenças entre a vacina pneumocócica com 13 sorotipos adotada pelo Einstein e com 10 sorotipos da rede pública; a vacina antimeningocócica ACWY do Einstein e a antimeningocócica C da rede pública.
Existem vacinas que apresentam diferenças em relação às reações adversas. Por exemplo, a vacina para coqueluche acelular no Einstein e de células inteiras na rede pública. Outras estão disponíveis no momento apenas nas clínicas privadas, como por exemplo a vacina meningocócica B e a vacina para Herpes Zoster para os adultos.